Các Imam Naqshbandi Sufi đã thay thế các hãn Sát Hợp Đài vào đầu thế kỷ 17, họ đã đánh bại Bạch Sơn phái (Aq Taghliq) Hồi giáo ở Diệp Nhĩ Khương hãn quốc. Vị quân chủ lưu vong Afaq của Bạch Sơn phái đã thỉnh cầu Đạt-lai Lạt-ma trợ giúp quân sự vào năm 1677. Theo yêu cầu của Đạt-lai Lạt-ma, Cát Nhĩ Đan đã lật đổ Naqshbandu của Hắc Sơn phái (Qara Taghliq), lập Afaq làm người cai trị ở đó.[3] Cát Nhĩ Đan ra lệnh rằng người Turkestan sẽ được xét xử theo luật pháp của họ trừ các trường hợp có ảnh hưởng đến Chuẩn Cát Nhĩ. Người Chuẩn Cát Nhĩ nắm quyền kiểm soát lòng chảo Tarim cho đến năm 1757.

Năm 1680, người Kyrgyz Đen đã đột kích Moghulistan và chiếm giữ Yarkand. Các cư dân Yarkend đã kêu gọi Cát Nhĩ Đan giúp đỡ. Chuẩn Cát Nhĩ đã chinh phục Kashgar và Yarkand; và Cát Nhĩ Đan đã được các cư dân lựa chọn làm quân chủ.[4] Năm sau, Cát Nhĩ Đan xâm lược khu vực phía bắc của núi Tengeri thuộc Kazakhstan ngày nay; ông đã đánh bại hãn Tauke của hãn quốc Kazakh song đã thất bại khi chiếm Sayram. Năm sau, ông lại chinh phục Thổ Lỗ Phồn và Cáp Mật ở phía đông.[5] Năm 1683, quân của Cát Nhĩ Đan dưới quyền chỉ huy của Tsewen Rabtan đã tiến đến Tashkent và Syr Darya và đè bẹp hai đội quân người Kazakh. Sau đó, Cát Nhĩ Đan khuất phục người Khirgiz Đen và cướp phá thung lũng Fergana. Từ năm 1685, quân của Cát Nhĩ Đan tích cực đẩy lui người Kazakh. Trong khi bộ tướng Tsewen Rabtan chiếm Taraz, đại quân của ông đã buộc người Kazakh phải di cư về phía tây.[6] Năm 1687, Cát Nhĩ Đan bao vây thành phố Hazrat-e Turkestan ở nam bộ Kazakhstan ngày nay, một trung tâm hành hương tôn giáo quan trọng với người Kazakh Hồi giáo, song đã không thể chiếm được thành phố.